Contrairement à la très grande majorité des mammifères, le cobaye, comme l'homme, les primates supérieurs et les roussettes frugivores, ne synthétise pas la vitamine C à partir du glucose.
Ceci est la suite d'une mutation génétique qui a rendu l'enzyme (la L gluconolactone, d’origine hépatique) utilisée dans cette synthèse inactive.
Sans un apport suffisant en vitamine C, le cobaye risque une carence pouvant avoir de très graves conséquences, parfois irréversibles, sur sa santé :
Signes généraux de la carence en vitamine C chez le cochon d'Inde
- Amaigrissement, perte d’appétit, anorexie
- Déficit immunitaire, prédisposition aux maladies infectieuses 
- Retard de croissance chez le jeune cobaye
Pathologies ostéo articulaires
- Douleurs articulaires et musculaires
- Difficultés de déplacement et paralysies d’un ou plusieurs membres chez le jeune cobaye
Problèmes dermatologiques liés à la vitamine C
Pododermatites
Pododermatite erythémateuse
Pododermatite ulcérative
Pododermatite ulcérative et nécrosante
Plaies cutanées, mauvaise cicatrisation
DAPP surinfectée
Dermite du sillon labial
Staphylococcus aureus
Poil piqué
Pathologies buccodentaires
Malocclusions dentaire
Malocclusion dentaire
Pont dentaire complet au dessus de la langue
Dents fragilisées, hémorragies gingivales 
Saignement gingivaux
Troubles ophtalmologiques
Défaut de sécrétion lacrymale
Signes digestifs
Diarrhées
Troubles de la miction et hémorragies urinaires